簡單的區分，多商店系統可以成就三種方向的經營模式
一、子站開設後，不論是獨立網域或是子網域皆各自獨立運作，獨立自主的網域、版面、 上架商品、新聞發布、,結帳等等．
    這樣的經營模式是最單存的，由於各自獨立子店經營者可以使用自己的送貨方式與付款方式，母店經營者不需擔心子站出貨狀況．母店仍能掌握各家子店的訂單．
    獲利模式：使用此種經營策略的獲利來源可以有例如：每家子店的月營收抽傭、開設網站的年費、代為開發程式設計版面、母網站網址知名度炒作．

二、基於某種原因母站想掌握金流，多商店可以設定成挑選完商品按下結帳會轉回母商店統一結帳，這樣的模式最為複雜，想統一結帳的所有子店必須以母站子網域方式設立，如是獨立網域則會排除在統一結帳的門外．
 此種方式的盲點在於母店經營者必須有能力處裡所有子商店的出貨狀態，例如：客人在A、B、C、D、E、F、G店各買了商品，結帳時首先面臨運費的計算，算一件商品運費？還是各自分開算？如是分開有沒有可能運費會貴於商品本身價格？如果算單一份費，這表示經營者有打算統一集中訂單中商品後集中打包託運，萬一缺一件貨呢？訂單是否成立？
 所以這種經營模式的成敗最大的問題在於物流，目前展示站
 http://store.twemart.com正是此種模式．所以如果測試訂單在子店購買後會回母店結帳，子店後台是看不到訂單產生．

獲利模式：使用此種經營策略的獲利來源可以有例如：每家子店的月營收抽傭、金流刷卡抽傭，物流抽傭，開設網站的年費、代為開發程式設計版面、母網站網址知名度炒作．

三、屬於分站行銷的模式，我稱為亂槍打鳥式的模式，簡單的說就是無論母店或子店通通販賣相同商品，從母站上架商品後，所有子店都有相同商品上架販售，而各個子店皆獨立運作，獨立自主的網域、版面、上架商品、新聞發布、,結帳等等．但是可以由母店做訂單處理．
 雖然相同商品但是商店META名稱可以各自區分，所以有分站行銷的意味，亂槍打鳥式的網站目前運用最多的是賣光碟的網站，由於要搶訂單，所以網站就多多益善了．目前可供參考的網站http://www.avstar-dvd.net看到此網址應該可知這是做A片網站，目前共開4家子站，裡面內容涉及成人議題，所以未滿18歲請勿進入．
另外目前購物車研究站http://www.oldpa.com.tw也是母站子站有http://www.webtank.com.tw 與http://www.ecart.com.tw兩個子站

獲利模式：使用此種經營策略的獲利來源就是訂單越多獲利越多．

關於安全性：
當子店設立時，每一家子商店擁有自己專屬的佈景檔，每一家子商店對於程式資料的掌控權限最多也只到此佈景檔，如果子店因為修改佈景而產生程式錯誤，頂多就是該子店網站無法開啟，並不會影響其他子店與母店之運作，尤其當子店想增加一些特效需使用javascript時，每個佈景檔內皆有一專門放置javascript的資料夾，只有自己網站被瀏覽時才會載入該javascript，所以儘管發生程式錯誤也不會影相其他網站，但是只要將權限開放給USER就一定會有遣在的危機，所以必需深慮．